Gilieji ežerai karstiniais dar vadinami. Paprastai jie būna apie 8-15 m. gylio. Jų plotas užima šimtus hektarų. Tokiuose ežeruose bangos nuolat skalauja krantus, todėl pakrantės dažniausiai smėlėtos. Smėlyje įsitvirtina tik nedaugelis augalų: nendrės ar meldai. Šių augalų sąžalynai sudaro neplačias juostas su pertrūkiais. Pakrantėse augančių alksninių šaknys mirksta vandenyje. Šių ežerų sekli zona neplati ir už jos prasideda gelmė. Giliuose ežeruose niekada nedūsta žuvys, nes vandenyje ir žiemą, ir vasarą deguonies pakanka. Čia vandens sluoksnis storas, o augalų palyginti gerokai mažiau negu sekliuose ežeruose. Žiemą pūdami jie nedaug sunaudoja deguonies.
    Giliausieji ežerai vadinami dar ir seliaviniais, nes juose gyvena išlikusios poledynmečio žuvys – seliavos. Tai patys didžiausi, giliausi ir skaidriausi ežerai. Jų Lietuvoje yra Aukštaitijos Nacionaliniame Parke. Tai turistų pamėgti Lūšių, Dringio ežerai. Toks yra ir didžiausias Drūkšių ežeras. Netoli Utenos yra giliausias Lietuvoje Tauragno ežeras (60 m. gylio).
    Šie ežerai dažniausiai staigiai gilėja. Jų pakraščių juosta siaura, visai be pakrančių augalų auga tik retos skurdžios nendrės. Pakraščiai paprastai smėlėti. Tokiuose stačiuose povandeniniuose šlaituose, povandeninių augalų negausu, taigi jie pūdami nepatręšia ežero vandens. Vidurvasarį ir giliausių ežerų paviršinis vanduo įšyla taip, kad galima maudytis, tačiau gelmėje lieka toks šaltas, koks kituose ežeruose būna tik vėlyvą rudenį  4-6 *C temperatūros. Šaltame vandenyje daugiau deguonies, todėl čia galėjo išlikti šios gležnos žuvys ir kiti gyvūnai.